Arkivmateriale ordnet fra august 1953, etter katalog av Hans Aarholt. Tillegg til bispearkivet ordnet og katalogisert av Oddleif Hodne i 1997. Stiftsdireksjonen fikk ikke noen fast kontorordning før i 1837. Det var gjerne strid mellom biskopen og stiftamtmannen om hvem som skulle føre protokollene, og hvem som skulle ha arkivet. Det hendte at særlig viktige dokumenter ble kopiert, slik at både stiftamtmann og biskop fikk sine egne eksemplarer. Men i de fleste tilfeller måtte arkivsakene havne hos en av partene. Så sent som i 1742 ble en tvist om stiftsdireksjonsarkivet i Kristiansand avgjort ved kgl. reskript, som sa at originale kongelige reskript og brev skulle bevares i stiftskisten hos biskopen. Biskopens konjunktime avdeling er blitt til ved at en har tilbakeført arkivsaker fra et oppkonstruert stiftsdireksjonsarkiv. Denne overføringen består i to deler. Den ene delen dekker arkivsaker frem til 1822, og ble skilt ut fra biskopens arkiv under ordning i 1956 av Hans Aarholt. Den andre delen omfatter arkivsaker fra 1822-1837, og ble sannsynligvis overført til det nyopprettede stiftsdireksjonskontoret i 1837. Tilsvarende ble gjort ved stiftamtmannens konjunktime saker 1822-1837. Arkivstykker merket D1-D133 inneholder konjunktime saker. I og med at biskopens konjunktime saker er et resultat av utskilling, må brukeren være oppmerksom på at der kan være rester tilbake i biskopens ordinære arkiv. Dersom arkivsakene ikke gjennfinnes i biskopens konjunktime saker eller ordinære arkiv, kan de ha blitt arkivert hos stiftamtmannen, fortrinnvis i dennes konjunktime avdeling.