Stiftsdireksjonen ble opprettet ved forordning 23.08.1672, men har røtter tilbake til kirkeordinansen 1537/39. Navnet var opprinnelig "Kirkens forsvar", og ordet stiftsdireksjon ble først tatt i bruk etter 1800. Agder stiftsdireksjon går tilbake til 1684, da Kristiansand ble etablert som eget stift og biskopen bosatte seg i den nye stiftsbyen. Navnet ble endret i 1918, da bispedømmet ble omdøpt fra Kristiansand til Agder. Da Stavanger bispedømme ble gjenopprettet i 1924, ble Rogaland fylke lagt dit. Som offentlig organ var stiftsdireksjonen en møteplass for stiftamtmann og biskop. Ei tid var også skoledirektøren med i direksjonen. Fellesoppgavene var de såkalte konjunktime saker, bl.a. øverste tilsyn med kirker, kirkegårder og prestegårder i stiftet (bispedømmet), tilsyn med benefisert gods, tilsyn med skole- og fattigstell, revisjon av kirkeregnskaper, godkjenning av tilsettinger av ulike kirkelige tjenestemenn, m.m. Først i 1837 fikk stiftsdireksjonen egen kontorordning. Etter at betegnelsene stift og stiftamtmann falt bort, ble det fylkesmannen i fylket der biskopen bodde som var formann i stiftsdireksjonen, og stiftsdireksjonen har eget kontor knyttet til fylkesadministrasjonen. Sekretariatet til Agder stiftsdireksjon lå under Fylkesmannen i Vest-Agder. Stiftsdireksjonene ble nedlagt fra 01.01.1997 og oppgavene overlatt til bispedømmeråd, biskop og fylkesmann.