Kgl.res. 20.11.1799 fastsatte en fullstendig nyordning av Kanselliets organisasjon og forretningsgang. Reformen ble gjort gjeldende fra året 1800, og innebar at Kanselliet ble inndelt i departementer, denne gang etter en kombinasjon av geografiske og saklige skillelinjer. Inndelingen skiftet noe, men i hovedtrekk var antall departementer med underliggende saksområder som vist nedenfor. Det viktigste ved nyordningen var imidlertid at hvert departement nå både skulle behandle og ekspedere alle saker innenfor sitt ansvarsområde. Ellers fikk det også betydning for virksomheten i Kanselliet at staten oppga å regulere en rekke forhold der man før hadde måttet søke om bevilling. Samtidig ble administrasjonen av andre bevillinger overdratt til lokale myndigheter. 1. departement: Kirkesaker og geistlighet, religionsspørsmål, offentlig undervisning og skolevesen i alminnelighet, universitetene og de lærde skoler fram til 1805, da Direksjonen for universitetet og de lærde skoler ble opprettet (se denne). 2. departement: Justis- og politisaker for Danmark. Fungerte også som statssekretariat. Ble senere delt i 2. og 5. departement. 3. departement: Justis- og politisaker for Norge, f.eks. straffeanstalter og fengselsvesen, lovgivning og rettspleie i sin alminnelighet, innbefattet alt som angikk ekteskapslovgivningen (lysning, vigsler, separasjoner og skilsmisser), skiftevesen, testamenter og formynderi, apotek-, helse- og legevesen, fattigstell, vegvesen, kjøpstadslaug, håndverksdrift og boktrykkerier. 4. departement: Saker angående adel og adelsgods, utskrivningssaker og offentlige stiftelser. 5. departement: Se 2. departement. 6. departement: Revisjon av regnskaper for offentlige stiftelser, skiftedesignasjoner, formynderregnskaper og kommunale kjøpstadsregnskaper (ansvaret for de to siste ble overført fra Rentekammeret i 1801).