Arkivet inneholder kopibøker, journaler og sakarkiv. Sakarkivet består av datosaker og emneordnete saker. Arkivet inneholder materiale om de enkelte legedistrikt, legeboliger, fylkesleger, distriktsleger, lisenser til utenlandske leger, tannleger, sykepleiere, spørsmål om massører og kvakksalvere. Arkivet inneholder materiale om Rikshospitalet, Kvinneklinikken i Bergen, Sophies Minde, psykiatriske institusjoner m.v. Det inneholder saker om vaksinasjon, karantene, poliomyelitt, vårsildavgiftsfondet og Medisinalstyrelsens laboratorier (fra 1929 Statens institutt for folkehelse). For tiden forut for 1912 inneholder kontoret materiale om apotek og medisin, farmakopeen, tollbehandling av innførte gifter og andre preparater, medisinaltakster En viktig serie er distriktslegenes medisinalinnberetninger om helseforhold, hygieniske og sosiale forhold i sine distrikter. Beretningene inneholder statistiske oppgaver over forskjellige sykdomstilfeller og dødsårsaker. Medisinalinnberetningene mellom 1835 og 1921 er samlet i en egen katalog 1263/30. I kopibøkene 1940 og journalene 1934-41 finner man og innførsler fra Det sakkyndige råd i saker om seksualinngrep. Disse protokollene er derfor klausulert i 80 år.