En god del av arkivet skal ha blitt ødelagt i 1944. Bl.a. gikk trolig et par av kirkebøkene fra 1800-tallet tapt da. Kirkeregnskaper ang. Vardø kirke 1759-1842 (nr. 19), innsendt til Stiftsarkivet i Trondhjem i 1904, er også plassert i dette arkivet - fordi Vardø lå under Vadsø prestegjeld i 1842 da disse regnskapene ble avsluttet. Dessuten ble en regnskapsbok 1890-1895 (nr. 17) overført fra Statsarkivet i Bergen i 1990 etter å ha blitt tatt ut av Leikanger sokneprestarkiv.