Repatrieringskontoret har etterlatt seg et omfattende arkiv. Under kontoret hørte spørsmål vedrørende repatriering, displaced persons og internasjonale forbindelser. Kontoret behandlet ellers bl.a. shippingspørsmål når det gjaldt hjemtransport til Norge. Arkivsakene strekker seg helt fra 1941 til 1950. Det er bl.a. et omfattende saksarkiv vedrørende displaced persons fra ulike land i tiden 1945-1947 og norske fanger og nordmenn i utlandet fra årene 1942-1947. Ellers er det materiale etter institusjoner som ble avviklet under Repatrieringskontoret, som R-kontorene i København og Hamburg, Evakueringskontoret i Stockholm og «lappeleiren» i Jokkmokk. Mest omfattende er arkivsakene etter Flyktningskontoret i Stockholm. Materialet omfatter årene 1941-1949. Arkivet etter Gjeldskontoret i Stockholm som fikk sin fortsettelse i Gjelds- og valutaavdelingen i direktoratets Repatrieringskontor, ruver mest. Her finnes protokoller og pakkesaker om norske flyktningers etablering av gjeld i Sverige og oppgjør av gjelden i Norge etter krigen. Fra Rettskontoret i Stockholm er det personmapper fra 1943-1945 med opplysninger om avhør (Stockholm og Kjesäter) av norske flyktninger som var uønsket i Sverige. Arkivene etter leirene for displaced persons er ordnet for seg. Disse ble administrert av Repatrieringskontoret. Leirarkivene er fra årene 1945-1947 og stammer fra leirer over hele landet. Grefsrud og Trøgstad har etterlatt de mest omfangsrike arkivene.