01.09.1982 ble det opprettet egne miljøvernavdelinger hos fylkesmennene, og er gjennom Fylkesmannen faglig og budsjettmessig underlagt Miljøverndepartementet. Avdelingen ble oppdelt i seksjon for forurensning og seksjon for naturforvaltning. Deler av saksporteføljen fra Utbyggingsavdelingen ble tilbakeført sammen med arkivene for de oppgavene som var utført på vegne av fylkesmannen. Miljøvernavdelingen var tidligere ikke samlokalisert med embetets øvrige avdelinger og hadde delarkiv. De viktigste arbeidsområdene: Avdelingen har ansvar for vann, avløp, renovasjon, avfall og forurensningsspørsmål, vern og forvaltning av naturområder, forvaltning av vilt og ferskvannsfisk, samt sikring og forvaltning av områder for friluftsliv. Videre et ansvar for at det har blitt tatt hensyn til naturvern, friluftsliv, ulike naturressurser og forurensingskonsekvenser ved inngrep i naturen.