I 1999 ble det gjennomført en sammenslåing av Fiskeridirektoratets kontrollverk med rettledningstjenesten i fiskerinæringen - til en ytre fiskerietat regionalt og lokalt. Kontrollverkets kontor i Kristiansand ble da slått sammen med Fiskerisjefen for Skagerrakkysten og dannet Fiskeridirektoratet Region Skagerrakkysten. Regionkontoret, som dekket kyststrekningen fra svenskegrensen til og med Vest-Agder, hadde tre underliggende fiskerikontorer i Flekkefjord, Oslo og Fredrikstad. Fiskeridirektoratet Region Skagerrakkysten ble slått sammen med Fiskeridirektoratet Region Rogaland fra og med 01.01.2004. Navnet på den nye enheten ble Fiskeridirektoratet Region Sør.