Ved reskript av 18.12 1739 ble Bragernes prosti delt i to, Bragernes og Kongsberg prosti. Under Kongsberg lå Eiker, Modum, Sigdal, Sandsvær, Flesberg, Rollag, Nore (med Uvdal) og Kongsberg by, mens Aker, Asker, Røyken og Hurum. Lier og Bragernes med Strømsø utgjorde Bragernes prosti. Eiker-, Modum- og Sigdal sokn lå under Kongsberg prosti frem til 1867, deretter ble de lagt under Bragernes prosti. Kongsberg prosti lå under Oslo bispedømme til 1941, under Tunsberg bispedømme 1942-1946, under Oslo bispedømme til 1948, og ble deretter lagt under Tunsberg bispedømme. Fra 2004 ble prestegjeldet som administrativ enhet faset ut, og fra 2012 gikk det også ut av lovverket. Kirken ble nå organisert med soknene som grunnenheter, og prestene ble ansatt i et prosti. I 2010 har prostiet følgende sokn: Kongsberg , Jondalen, Efteløt, Tuft, Komnes, Hedenstad, Flesberg, Svene, Lyngdal, Rollag, Veggli, Nore, Uvdal og Tunhovd.