Et kongebrev av 11. august 1688 bestemte at Finnmark skulle deles i to prostier (og fogderier): Vest-Finnmark og Øst-Finnmark. Som grensepunkt nevnes Nordkyn. En forordning av 6. juni 1691 fastslo imidlertid at det i Finnmark skulle være bare en prost (og en fogd). Også i reskript av 13. juni samme år blir det sagt at Finnmark bare skulle ha en prost. Dette reskriptet bestemte videre at soknepresten i Vardø skulle utnevnes til prost og at han skulle utføre visitasene sine samtidig med at den verdslige øvrigheten foretok tingreisene sine. Det ser ut til å ha vært en prost for hele Finnmark så lenge Ludvig Paus levde. Han døde i 1707, men det nevnes i kirkeregnskapene 10. juli 1709 at det ennå ikke var ordinert noen prost (se amtmannsarkivet). Senere samme måned omtales imidlertid en viseprost over Øst-Finnmark (Ludvig Christian Paus). I 1711 benevnes han som prost. Fra 1710 og utover hører vi også om en prost (Trude Nitter) som tydeligvis hadde ansvaret for Vest-Finnmark. De første årene kalles han av til viseprost. Ved kgl.res. 14. mai 1864 ble Lebesby i Øst-Finnmark overført til det nyopprettede Hammerfest prosti. Resten av Øst-Finnmark prosti ble hetende Varanger prosti.