NS Generalsekretariatet fungerte som Riksledelsens "alminnelige" avdeling og behandlet alle saker som ikke naturlig hørte inn under en av de andre avdelingene i NS. Dessuten var enkelte spesielle funksjoner henlagt til Generalsekretariatet. Her ble også Quislings beslutninger ekspedert og formidlet nedover i organisasjonen. Videre formidlet Generalsekretariatet til fylkesførerne de av Førerens direktiver og beslutninger som ikke naturlig ble formidlet av noen av de andre avdelingene, eller som ikke Quisling selv meddelte dem. Generalsekretariatet besto av følgende avdelinger: Sentralavdeling, Personalavdeling, Opplæringsavdeling, Rikspropagandaavdeling og Frontkjemperkontoret.