Etter kirkeordinansen av 1539 hadde stiftsbefalingsmannen som oppgave å stå som vern for kirker, prester, presteenker og skoler. Ved forordning av 23. august 1672 kom også biskopen med som "kirkens forsvar". Dermed får vi en stiftsdireksjon som bestod av stiftamtmann og biskop. Stiftamtmannen var formann i tomannskollegiet. Som administrativt organ hadde det ikke noe særskilt navn den første tiden, en brukte embetstitlene. Betegnelsen stiftsdireksjon ble tatt i bruk på 1800-tallet. Det er vanskelig å skille mellom biskopens virksomhet som biskop og som medlem av stiftsdireksjonen. Hovedkriteriet for å skille må være at det særlige geistlige overtilsynet lå under biskopen, mens stiftsdireksjonen førte tilsyn med kirkehus, benefisert gods, hospitaler, offentlige stiftelser og skoler. Stiftsdireksjonen fikk dermed i stor grad som oppgave å kontrollere økonomsike forhold. Først i 1837 fikk stiftsdireksjonen i Kristiansand eget kontor. Fra da av er det et klart skille mellom stiftamtmann, biskop og stiftsdireksjon rent arkivmessig. Se også Håndbok for brukere av statsarkivene av Liv Mykland, 2005.