Døvekirkens organisasjon skiller seg noe ut fra andre menigheter. Døvemenigheten er ikke et sogn slik det er definert i kirkeloven. Kirken har til tross for at den også opererer med et menighetsråd ikke noe medlemsregister eller manntall som menighetsrådets velges ut fra. Medlemmene er også medlemmer av andre menigheter, de er medlemmer i døvemenigheten i tillegg, fordi de er døve. Døvemenighetene er inndelt i det østenfjellske distrikt i Oslo, det nordenfjellske distrikt i Trondheim, det vestenfjellske distrikt i Bergen og det sørvestfjellske distrikt i Stavanger. Alle disse distriktene er underlagt døveprosten i Oslo som igjen hører inn under Oslo bispedømme. Døvemenigheten i Oslo fikk egen kirke som ble innviet den 4. november 1894. Den første døveprest for Oslo ble tilsatt i 1893.