Horten distriktsfengsel ble opprettet ca. 1863. Overtilsynet lå under Jarlsberg og Larvik amt. I henhold til lov om fengselsvesenet av 12.12.1903 (i verksatt i 1904) ble administrasjonen overført til Staten, og navnet ble forandret til Horten hjelpefengsel. Politimesteren i Horten var bestyrer. Fra 1910 ble politimesteren i Nordre Jarlsberg fengselets bestyrer. I 1961 ble fengselet omgjort til kretsfengsel. I 1970 ble fengselet innlemmet i det nyopprettede Søndre fengselsdistrikt med direktøren for Sem kretsfengsel som bestyrer. I 1975 overtok direktøren for det nyopprettede Berg kretsfengsel bestyrelsen av distriktet. Fra 2000 lå fengselet under Kriminalomsorgen Region Sør med egen direktør for regionen. Navnet ble samtidig forandret til Horten fengsel.