Kontoret ble etablert under navnet Refusjons- og arvekontor II i Den alminnelige avdeling i Handels- og industridepartementet i 1939. Refusjons- og arvekontoret ble da delt i Refusjons- og arvekontor I og Refusjons- og arvekontor II. Da Sjøfartsdepartementet ble opprettet i oktober 1940, ble begge kontorene overført dit. Sjøfartsdepartementet ble nedlagt sommeren 1944 og kontorene ble etter dette sammenslått til Sjømannskontoret og inngikk i Næringsdepartementets Sjøfartsavdeling. Etter krigens slutt i 1945 ble Sjømannskontoret igjen todelt og 1. og 2. sjømannskontor sorterte fram til 1947 under Sjøfartsavdelingen i Handels- og industridepartementet. Fra årsskiftet 1947/48 inngikk kontorene i Sjøfartsavdelingen i det nye Industridepartementet men ble i 1955 overført Handelsdepartementet sammen med resten av Sjøfartsavdelingen. Ved en større omorganisering av sjøfartsadministrasjonen i 1962 opphørte kontorene og deres gjenstående saksfelter ble overført Sosialavdelingen i det nyopprettede Direktoratet for sjømenn. 2. sjømannskontors arbeidsfelt kom fra 1. sjømannskontor og omfattet saker vedrørende understøttelse av nødlidende norske sjømenn i utlandet, forpleining og hjemsendelse av forliste sjømenn, nødstilte norske skips besetninger, tvistigheter mellom skipsfører og mannskaper i utlandet, tøyerstatning etter forlis m.v., spørsmål vedrørende hyrekontrakter og avregningsbøker, internasjonale konvensjoner om sjømenns interesser på utenlandske skip, utbetaling av bisitterhonorar av statskassen ved visse sjøforklaringer i utlandet. I krigsårene 1940-1945 behandlet kontoret saker som gjaldt innkreving av lån til sjømenn og hvalfangeres familier, lånefondet for sjøfolks pårørende, og dessuten Sjøfartsdepartementets personal- og fellessaker så lenge dette departementet fungerte. I Næringsdepartementstiden hadde kontoret Sjøfartsavdelingens personal- og fellessaker. Etter krigen fikk kontoret ansvaret for saker vedrørende mulkter ilagt sjøfolk i henhold til sjømannslovens § 62, seinere disiplinbot i henhold til sjømannslovens § 63, rømte sjøfolk, sjømennenes mulktfond, "Mudderfondet", "Bugges Fond", lån til norske sjøfolk i utlandet og dessuten avdelingens personal- og fellessaker.