Indredepartementets medisinalkontor ble i 1878 flyttet til Justisdepartementet og ble egen avdeling fra 1897. I 1912 ble avdelingen delt i to kontorer, men da avdelingen allerede året etter ble flyttet til det nye Departementet for sosiale saker, handel, industri og fiskeri, fikk delingen ingen innvirkning på arkivet etter Justisdepartementets medisinalavdeling. I perioden 1819-1845 hadde medisinalsakene tilhørt Kirke- og undervisningsdepartementet, og fra 1846 Indredepartementet. Arkivet flyttet med til Justisdepartementet i 1878, slik at man her vil finne kontorets gamle arkiver helt tilbake til 1819. Derimot er lite av saksarkivet for kontorets tid i Justisdepartementet 1878-1912 bevart.