Sekretariatet for det benefiserte gods ble opprettet fra 1.1.1824, ved kgl.res. 4.8.1823 om bevilgning til et nytt fullmektigembete i departementet. Hovedarbeidsområdet ble salget av det benefiserte gods etter lov 20.8.1821. Administrasjonen av det benefiserte gods lå i 1814 under 2. departement og 1815-1818 under 4. departement, for deretter fra 1819 å bli overført til Kirkedepartementet. Til dette saksområdet lå også forvaltningen av landets prestegarder og enkeseter. Det som i særlig grad begrunnet den nye kontordannelsen, var det økende salget av det bygselledige benefiserte godset og administrasjonen av Opplysningsvesenets fond dannet ved salgene. Dette medførte et så omfattende regnskaps og revisjonsarbeid at det ble nødvendig å spalte ut et eget Bokholderikontor for det benefiserte gods B2 - i 1839 (kgl.res. 9.1. d.å.). Kontor B ble fra da av kalt Sekretariatet eller Ekspedisjonskontoret for det benefiserte gods. Salget av enkesetene etter lov 26.9.1845 dannet grunnlaget for Pensjonsfondet for geistliges enker. For innløsningssummene av den påheftede jordavgift på de solgte benefiserte bruk ble det etter lov 24.09.1851 dannet et Jordavgiftsfond, som ytet erstatning til de tidligere rettighetshavere. Det samme gjaldt for Prestegardsfondet som ble dannet ved reduksjonen av prestegardene etter lov 19.6.1882. I 1886 ble salget av det gjenværende øvrige benefiserte gods og enkesetene overført til kontor B2, som da ble kalt Revisjonskontoret for offentlige fonds. Dermed ble B kontoret konsentrert om prestegardsforvaltningen, og ble benevnt Prestegardskontoret fra 1890. Saker om bebyggelse og anskaffelse av geistlige embetsgarder ble overført fra Kirkekontoret i 1893. Bygge og vedlikeholdssakene på prestegardene ble fra 1.7.1919 skilt ut i et 2. prestegardskontor B2, og det gamle B kontoret fortsatte som 1. prestegardskontor B1. Dette satt etter delingen igjen med administrasjonen av geistlige embetsgarders jordvei og skog, samt Opplysningsvesenets fonds øvrige skoger, som representerte en betydelig inntektskilde for fondet. I 1957 overtok Direktoratet for statens skoger forvaltningen av fondets skoger.