Kvernes prestegjeld hadde i 1589 4 kirker og to prester. Kvernes, Kornstad og Bremsnes hadde prest sammen, og Grip hadde en residerende kapellan. Ved åpent brev 6.1.1708 fikk innbyggerne i Lillefosen tillatelse til å bygge kirke, men ladestedet skulle fortsatt høre til Bremsnes sokn. Ved reskript 29.4.1812 ble gårdene Ulleland, Åndal, Persetra, Gaupset, Harstad, Astad, Solenes, Rød, Blakstad, Knutset, Kariset og Gjemnes i Batnfjorden overført fra Kvernes til Øre sokn i Tingvoll prestegjeld. Ved kgl.res. 20.8.1827 ble Kvernes delt i to prestegjeld, Kvernes og Kristiansund. Kvernes prestegjeld besto da av Kvernes, Bremsnes og Kornstad sokner. Det residerende kapellaniet i Kvernes ble nedlagt. Kornstad ble ved kgl.res. 6.2.1869 delt slik at Eide ble eget sokn med kirke på Eide. Samtidig ble det opprettet et residerende kapellani for prestegjeldet. Mork i Kornstad ble i 1873 kjøpt til kapellangård. Ved kgl.res. 30.4.1877 ble gården Gådal fra 1.1.1878 overført fra Hustad sokn i Bud prestegjeld til Eide sokn i Kvernes prestegjeld. Ved kgl.res. 3.7.1882 ble Breivika og Kvistneset, lnr 173c og d under matr.nr. 107 Vågen, overført fra Kornstad til Bremsnes sokn. Ved kgl.res.8.3.1890 ble lnr 1a-c av Bollia overført fra Hustad sokn i Bud prestegjeld til Eide sokn. Gårdene på Storlandet ble ved kgl.res. 9.9.1893 overført fra Kvernes til Gjemnes sokn i det nyopprettede Øre prestegjeld. Den residerende kapellanen fikk ved kgl.res. 21.12.1903 påbud om å møte to ganger årlig på hjelpekirkegården på Gaustad i Kornstad sokn for å forette jordfesting. Som følge av kgl.res. 18.1.1963 ble Vevang krets i Kornstad overført til Eide sokn fra 1.1.1964. Samtidig ble Bolga og Valen kretser i Bremsnes sokn overført til Frei sokn og Dale krets i Bremsnes overført til Kristiansund sokn i Kristiansund prestegjeld. Ved kgl.res. 16.1.1981 ble Eide sokn skilt ut som eget prestegjeld.