Vadsø er nevnt i reformatsen av 1589 som anneks til Vardø. Men i 1694 ble Vadsø hovedsokn med Vardø som residerende kapellani. Vardø ble selvstendig prestegjeld i 1771. Vadsø prestegjeld var lenge delt i to sokn, Vadsø og Nesseby. Ved kgl.res. 3. desember 1819 ble Vardø lagt til Vadsø som annekssokn, men ble eget prestegjeld igjen ved kgl.res. 7. mai 1849. Nesseby ble skilt ut fra Vadsø og gjort til eget prestegjeld sammen med Tana ved kgl.res. 31. januar 1846. Vadsø kirke nevnes i 1589. Den lå da på Kirkeøen, men ble flyttet til fastlandet i 1710 og ble innviet året etter. Denne kirken var i bruk til 1861 og ble revet i 1869. Ny kirke ble bygget på Galgebakken i Vadsø i 1861 og innviet samme året (jfr. kgl.res. 22. mars 1858 og 3. oktober 1859). Kgl.res. 18. mars 1857 bestemte at det kunne bygges en kirke "på eller ved Svartaxlen" på sørsiden av Varangerfjorden. Når den var ferdig, skulle distriktet skilles ut som eget sokn med navnet Sør-Varanger sokn. Kgl.res. 30. mai 1864 omdannet Sør-Varanger til eget prestegjeld. Grensen mellom Nesseby og Vadsø prestegjeld på begge sider av Varangerfjorden ble fastsatt ved kgl.res. 27. februar 1864. Ved kgl.res. 28. oktober 1893 ble Vadsø landsokn skilt ut fra Vadsø by. I 1939 ble det gitt tillatelse til å bygge et kapell i Vestre Jakobselv.