Senja og Tromsø fogderi ble skilt ut fra Finmarkens amt og gjort til et eget amt, Tromsø amt, 1. oktober 1866. Dette skjedde med utgangspunkt i lov av 8. januar 1866 og kgl.res. 26. mai 1866. Betegnelsen "amt" ble erstattet av "fylke" ved lov av 14. august 1918 (nr. 4). Samtidig skiftet en rekke fylker navn. For Tromsø amts vedkommende, ble det nye fulle navn Troms fylke, og fylket beholdt uendrede grenser. Loven trådte i kraft 1. januar 1919. Fra 1. januar 1976 ble fylkeskommunen opprettet som selvstendig administrasjonsenhet løst fra fylkesmannens administrasjon. Samtidig forandret fylkeskommunen seg fra å være et fellesorgan for kommunene til å være et selvstendig forvaltningsorgan, et nytt forvaltningsnivå. Arkiver fylkeskommunen ved opprettelsen tok med seg fra fylkesmannen er avlevert, og det er laget egne arkivoversikter over disse, se kataloger på lesesal.