På grunnlag av Innskudds- og trekkontorene i London og New York under den annen verdenskrig ble det opprettet et Innskudds- og trekkontor i Oslo i 1945. Dette ble i 1947 gjort permanent og kaltSentraltrekkontoret for sjømenn. Både utviklingen i forbindelse med krigen og ny lovgivning angående sjøfolk gjorde det nødvendig å få en samlet oversikt over besetningen på norske skip. I 1948 ble derfor Sentralregisteret for sjømenn opprettet. Ved kgl.res. 12.5.1961 ble disse to institusjonene slått sammen til en institusjon under navnet Sentralregisteret for sjømenn. Da en del saksområder som tidligere hadde ligget til sjøfartsadministrasjonen i Handelsdepartementet, i 1962 ble overført til Sentralregisteret, skiftet dette samtidig navn til Direktoratet for sjømenn (kgl.res. 27.4.1962, iverksatt fra 1.5. samme år). Direktoratet fikk i 1962 overført følgende oppgaver fra Handelsdepartementet: saker etter sjømannsloven og mønstringsloven, sysselsettingfor sjøfolk, hjemsendelse av sjøfolk, stranding av vrak, skips sjødyktighet, samt internasjonalt samarbeid innenfor disse saksområdene. Fra før hadde Sentralregisteret oppgaver innenfor forhyrings- og mønstringsvesenet, blant annet ved å føre det sentrale sjømannsregisteret, og foresto innfordring av sjømannsskatt, velferdsavgift, trygdepremier m.m. Etter omorganiseringen og utvidelsen i 1962 fikk Direktoratet for sjømenn følgende avdelinger: Sekretariatet, Registeravdelingen, Trekkavdelingen, Sosialavdelingen og Regnskapsavdelingen. Avdelingene førte egne arkiver. Disse avdelingene ble senere underinndelt i kontorer, men dette synes ikke å ha hatt større innvirkning på arkivskapingen. Heller ikke mindre omorganiseringer og navneforandringer for avdelingenes vedkommende ser ut til å ha spilt nevneverdig rolle i denne sammenheng. I forbindelse med behandlingen av statsbudsjettet for 1989 ble det vedtatt at Direktoratet for sjømenn skulle nedlegges. Begrunnelsen var ny lovgivning angående skatt og arbeidsformidling for sjømenn som sidestilte denne gruppen med andre arbeidstakere. En gradvis nedbygging av direktoratet ble satt i verk. Oppgaver ble overført til Sjøfartsdirektoratet, Skattedirektoratet og Arbeidsmarkedsetaten. En del arkiver ble overført til disse. I tillegg ble et nytt Maritimt arbeidstaker-/arbeidsgiverregister opprettet i Mo i Rana, men dette organet fikk ikke overført noen arkiver. Mesteparten av de arkivene som var skapt helt fram til avviklingen, ble avlevert til Riksarkivet. Direktoratet ble ledet av en direktør utnevnt av Kongen og var til å begynne med organisert i et sekretariat og 4 avdelinger, Registeravdelingen, Regnskapsavdelingen, Trekkavdelingen og Sosialavdelingen. Fra 01.01.1969 ble Sekretariatet omdannet til juridisk-administrativ avdeling slik at direktoratet fra da av hadde 5 avdelinger. Den nye avdelingen ble ledet av en underdirektør som også var direktørens stedfortreder. Avdelingene, med unntak for Sosialavdelingen, ble videreinndelt i kontorer. Registeravdelingen ble i 1972 utvidet med Kontoret for utbetaling til krigsseilerne. 3. tekkontor i Trekkavdelingen ble i 1977 overført Regnskapsavdelingen som Innfordringskontoret der. Sosialavdelingen fikk i 1984 Seksjon for Sosialtjeneste. I 1987 ble Regnskapsavdelingen og Trekkavdelingen slått sammen til Skatte- og avgiftsavdelingen samtidig som Juridisk-administrativ avdeling skiftet navn til Administrasjonsavdelingen og Sosialavdelingen ble hetende Helse- og miljøavdelingen. De 4 avdelingene ble ledet av direktør, assisterende direktør og stab.