Distriktsfengsel i Eidsberg ble opprettet i 1864. Det var da underlagt fogden i Rakkestad. Ved kgl res 10.03.1904 ble fengslet omgjort til større hjelpefengsel, fremdeles under fogden i Rakkestad. Etter kgl.res. 21.06.1912 ble det underlagt Politimesteren i Sarpsborg. Ifølge Justisdepartementets skriv av 06.12.1916 ble nå distriktsfengslet midlertidig kretsfengsel. Fengslet ble brukt som straffeanstalt av tyske myndigheter under krigen. I tillegg til ordinært bruk, ble fengslet også brukt for landssvikfanger etter krigen. I 1952 ble fengslet tatt i bruk som arbeidshus. Ny lov om fengselsvesenet ved kgl.res.12.12.1958, da Fengselsstyret fikk den øverste faglige ledelse av fengslene, og organisert som en avdeling i Justisdepartementet. Fra 1966 ble landet delt inn i 4 fengselsdistrikt under ledelse av en fengselsdirektør; Vestre-, østre-, nordre- og søndre distrikt, hvorav Eidsberg kom inn under østre fengselsdistrikt. Den 01.04.1970 ble anstalten igjen tatt i bruk som hjelpefengsel. I hjelpefengslet satt menn og kvinner som skulle sone straff kortere enn 60 dager, og også menn som skulle sone militærarrest. Mens det var arbeidshus ble en del eldre med skrøpelig helse innsatt her. I 1968 var gjennomsnittsalderen 64 år. Det var ingen skarp grense mellom de ulike grupper anstalter, som f. eks. hjelpefengsel og arbeidshus. Arbeidshus eller tvangsarbeidshus ble sjelden brukt for annet enn straff for løsgjengeri og alkoholmisbruk. (inntil oppheving av løsgjengerloven i 1970). Hjelpefengsel var betegnelse på de mindre fengslene, og beregnet på å motta fanger med korte straffer. Det offisielle navnet var fra 01.01.2001: Kriminalomsorgen Eidsberg fengsel. Samtidig ble den gamle kretsinndeling forlatt, og Eidsberg fengsel plassert under Region øst (Oslo og Østfold).