Hedmark og Oppland fylker var fra 1670-årene en del av Akershus stiftamt. I 1687 ble det opprettet et Gudbrandsdalen og Hedemarkens amt med Ove Lange som amtmann. Etter at han forlot amtet i 1692, ble det ikke utnevnt noen ny amtmann i distriktet og det gikk igjen inn som en del av Akershus stiftamt. Oplandenes amt (Hedmark og Oppland fylker), nå Innlandet fylke, ble opprettet i 1757. Dette ble igjen delt i 1781 i Christians og Hedemarkens amter, også kalt Vestre og Østre Oplandenes amter. Fra 1919 skiftet disse navn til Oppland og Hedmark fylker. Materiale fra perioden 1757-1781 er registrert under Oplandenes amt. Beredskapsavdelingen ble opprettet i 1979 og miljøvernavdelingen i 1982. Sosialavdeling og kommunal- og administrasjonsavdeling ble opprettet i 1983. Landbruksavdelingen ble opprettet i 1993 og egen administrasjonsavdeling i 1995. Samordningsenheten kom i 1997. Fra 01.01.2003 ble fylkeslegen i Oppland lagt under fylkesmannen i Oppland. Kontoret begynte med databasert journal i 1991.