I september 1942 opprettet eksilregjeringen i London et Skipsfartsdepartement. Ved kgl.res. 8.5. 1945 ble det bestemt at departementet skulle opprettholdes midlertidig med det samme saksområdet som det hadde hatt under eksiltiden i London 1942-45. Ved kgl.res. 5.10. 1945 ble også ansvaret for Skipsfartsdirektoratet overført fra Handels- og industridepartementet til Skipsfartsdepartementet. Kort tid etter den statlige rekvireringen av skip opphørte 30.9.1945 ble departementet nedlagt og fra 5.11. 1945 ble saksområdet lagt til en ny Skipsfartsavdeling i Handels- og industridepartementet. Da dette departementet i 1947 ble delt i et Handelsdepartement og et Industridepartement gikk avdelingen til Industridepartementet for deretter å bli overført til Handelsdepartementet i 1955. Skipsfartsavdelingen ble overført fra Industridepartementet til Handelsdepartementet i 1955. Se Industridepartementet, Skipsfartsavdelingen, for nærmere omtale av saksfeltet. Ved opprettelsen av Sjøfartsdirektoratet og Direktoratet for sjømenn i 1962 overtok Skipsfartsavdelingen den delen av saksfeltet til Sjøfartsavdelingen som sto igjen i departementet: sjømannsutdanning, handelsflåtens bemanning, velferdsvirksomheten for sjømenn samt Nortraships sjømannsfond.