Ifølge Reformatsen av 1589 bestod det området som i dag dekker Troms fylke av to prestegjeld: Trondenes med fjorten kirker og ni prester, og Tromsø med åtte kirker og fire prester. Prestegjeldene Trondenes og Tromsø utgjorde først ett prosti. Fra 1690-årene var det Oluf (Ole) Audensen, soknepresten i Tromsø, som var prost. Prostiet kalles i hans embetstid som regel bare Tromsø. Det var skifte etter Oluf Audensen i august 1719. Ifølge Erlandsen skal prostiet ha blitt todelt i 1719. Erlandsen hevder at Henning Junghans, soknepresten i Tromsø, var prost bare i Tromsø prosti, dvs. i den nordre delen av det opprinnelige prostiet, i perioden 1719-1753. Han nevner andre innehavere av Senja prosteembete i den samme perioden. Dette stemmer ikke med de opplysningene som kommer fram i prostens skifte- og justisprotokoller. Her benevnes Junghans som prost over Senja (Senjen) og Tromsø en rekke ganger i perioden 1721-1748. Noen få ganger i 1720-årene kalles prostiet som Junghans innehadde bare Senja eller bare Tromsø. Delingen av embetet skjedde trolig mellom 1748 og 1750. Fra 1776 omfattet Tromsø prosti prestegjeldene Tromsø, Karlsøy, Lyngen og Skjervøy. Ved kgl.res. 18. oktober 1856 og 10. november 1860 ble Balsfjord og Tromsøysund utskilt fra Tromsø prestegjeld som egne soknekall. Den gjenværende del av Tromsø prestegjeld ble nå et stiftsprosti (domprosti fra 1922). Tromsø prosti bestod dermed av Karlsøy, Lyngen, Skjervøy, Balsfjord og Tromsøysund. Tromsø prosti forandret navn til Troms prosti ifølge kgl.res. 19. mai 1922. I 1963 ble Tromsøysund prestegjeld overført fra Troms prosti til Tromsø domprosti. Det samme skjedde med Karlsøy i slutten av 1970-årene.