Bergens Museum var den første vitenskapelige institusjonen i Bergen og ble opprettet i 1825 etter initiativ av stortingspresident og stiftsamtmann W.F.K. Christie (1778-1849). Christie hadde innbudt "fædrelandssinnede Mænd i og udenfor Bergens stift" til å gå sammen for å opprette et museum i Bergen som skulle inneholde oldsaker, kunst og norske naturalier. Det var Christie som frem til sin død i 1849 var drivkraften bak museet. Museet holdt den første tiden til i Seminarum Fredericianum og deretter i magistratpresident Klagenbergs gård ved Lille Lungegårdsvann. Siden 1865 har museet holdt til i egne lokaler på Nygårdshøyden. Den første tiden var ikke den administrative inndelingen særlig klar. Museet var et privat foretak bygd opp omkring enkeltpersoner og styret hadde full kontroll med museets virksomhet. Museet mottok stadig gaver fra inn- og utland og samlingene vokste raskt. Etter som tiden gikk ble driften derfor oppdelt i avdelinger og man fikk historisk-antikvarisk-, naturhistorisk-, botanisk-, zoologisk- og biologiskavdeling i tillegg til bibliotek og egen kasserer og sekretær. Det ble også drevet forskning og undervisning i tilknytning til museet. Her var særlig "Arbeiderforedragene" eller "Foredrag for Hvermand" og museets sommerkurs av betydning. En av de som særlig gjorde at denne delen av virksomheten ble utbygd var overlege D.C. Danielsen som var museets preses i fra 1864 til 1892. Denne undervisnings- og forskningsvirksomheten var med å danne grunnlaget for at Universitetet i Bergen åpnet i 1948. Bergens Museum ble etter dette en del av det nye universitetet, slik som det er den dag i dag. Museet drev også publikasjonsvirksomhet. Fra 1829 til 1847 "Urda, et norsk antiquarisk-historisk Tidsskrift" og fra 1887 bladet "Naturen". I 1980 avleverte Universitetet i Bergen 26 hyllemeter med arkivsaker fra Bergens Museum til Statsarkivet i Bergen de resterende 5 hyllemeter ble avlevert i 1982. I 1991 ble enkelte arkivsaker utlånt til Bergen Museum.